據各方媒體報道,25日凌晨,利比亞執政當局已將卡扎菲及其兒子穆塔西姆和前國防部長尤尼斯的遺體埋葬在利沙漠深處一個秘密的地方,親卡扎菲的3名宗教人士在埋葬前為其舉行了簡單的宗教儀式,被執政當局抓獲的卡扎菲的兩名堂兄弟也在場,他們都被要求發誓永不泄露墓地位置,最后由4-5輛軍車將3人的遺體運到了埋葬地點下葬。執政當局對秘密埋葬的解釋是為了避免墓地今后成為卡扎菲追隨者的“圣地”或遭到反對者的破壞。
卡扎菲的妻子及族人都向執政當局提出了把卡扎菲遺體交家族按照伊斯蘭教習俗處理的要求,但雙方最終也沒能就此達成一致,執政當局單方做出了秘密埋葬于沙漠的決定。
此間媒體發表的一些文章指出,獨立特行、狂妄自大、神秘莫測的一代梟雄卡扎菲的遺體25日凌晨被秘密埋葬在利比亞沙漠深處一個不為人知的地方。到目前為止,在利比亞執政當局、卡扎菲親屬、族人,甚至在利比亞民眾和世界穆斯林中,對卡扎菲死后5天及秘密埋葬的方式仍存在爭議,一些國際組織要求對卡扎菲死因進行認真調查的呼聲也沒有停止,并對媒體播出的卡扎菲被打死及之后暴尸的“血腥”和“殘忍”表示不滿。有文章分析稱,卡扎菲被俘后被執政當局武裝活活打死的主要原因有二,一是攻城部隊中有人對生前惡貫滿盈的卡扎菲極度仇恨,不殺不解氣,執政當局對此也沒有辦法;二是美國等西方國家和執政當局都不希望留下活口,因為卡扎菲與美英法意等國之間有一些不能讓世人知道的秘密,與現執政當局中存留下來的大量前政權要人之間也有許多不想讓人知道的秘密。另外,如果卡扎菲被活捉審判,是交給國際刑事法院還是由利比亞自己處理,對執政當局和西方國家都是一個難題,因為交國際法院審理,許多利比亞革命者不會同意,他們認為這是一個內政問題,而由利比亞自己審判,西方國家又對其處理的能力表示極大的懷疑。
還有些人認為,卡扎菲被秘密埋葬并不意味著問題的完結,因為卡扎菲被俘后打死和暴尸及秘密埋葬并不符合國際通用準則和伊斯蘭教法,執政當局最終還是要給國際社會、卡扎菲親屬、家族和部族一個合理的交待。卡扎菲親屬、家族和部族及剩余支持者是否會善罷甘休借此給執政當局制造麻煩仍待觀察,甚至人們對秘密埋葬能否真正成為一個永遠無法揭開的秘密也存在質疑。