事件引發的藍綠惡斗也在繼續。據《聯合報》報道，國民黨“立法院”黨團5日召開“飛彈誤射、蔡英文欠國人一個道歉”記者會，要求“國防部長”馮世寬辭職下臺。國民黨黨團痛批，事發已經5天，“總統”蔡英文及林全“內閣”卻無人為此做出政治責任，完全令人無法接受。

　　“是不是以后我們的漁船出海，都要保一個飛彈險？以后我們要叫壽險公司增加一個飛彈險!”國民黨“立委”許毓仁稱，目前外媒對雄風—3導彈誤射事件的報道，都已定調為“臺灣正在不當的引用戰爭模式”“麻煩的制造者”，這顯示臺灣正處于高度的警戒危機。這是極度諷刺的事，新政府應該立刻有人付出政治責任，不要再擺錯重點說要查泄密。

　　面對藍營的攻勢，民進黨及蔡英文當局不甘示弱。民進黨“立法院”黨團書記長陳亭妃稱，軍紀的敗壞，不是在這個時間點所引發，而是從過去8年到現在，馬英九對于大陸的“懦弱”，而讓大家覺得“國防”已經不重要了，所以導致發生今天的狀況，這是有前因，所以才會引發這個果。

　　外界關注的“防長”馮世寬的去留，5日終于有了確定結果。《聯合晚報》報道稱，朝野不乏要馮世寬下臺負責的聲浪，但據了解，由于新政府剛就任，“總統府”高層基于“兵不是馮練的”等比例原則考慮，只嚴厲要求甫上任的馮世寬和“海軍司令”黃曙光等人拿出改革成果，蔡英文給馮兩個月觀察期，拿出“國軍精準武器控管”成績單。而9月份的漢光實兵操演，將是首次成果驗收。

　　雙方的攻防焦點還不止于此，臺“行政院長”林全把率先披露此消息的國民黨政策會執行長蔡正元視為眼中釘，除了要求盡快查清事實真相外，針對蔡正元率先在社交媒體上發布導彈誤射消息，林全要求“國防部”“高檢署”項目小組盡速厘清“泄密”犯罪事實。林全5日稱，誤射事件“泄密是事實，就要查清楚”。蔡正元諷刺稱，如果要把這件事當成機密，那就代表有人想要掩蓋，如果不掩蓋的話何必當成機密？蔡正元還說，如果林全想要查泄密，那就應該去查馮世寬，因為馮先前曾脫口要送4萬枚炮彈上太平島，如果林全不敢查的話，根本就是個“小孬孬”。