7月26日，國民黨舉行黨主席改選，馬英九高票當選。馬英九晚間先在競選辦事處發表簡短感言，隨后趕赴國民黨中央黨部，向現任國民黨主席吳伯雄及選監人員致意。
27日，中共中央總書記胡錦濤發賀電祝賀。胡錦濤在賀電中表示：“由衷期望貴我兩黨繼續推動兩岸關系和平發展，進一步深化政治互信，不斷為兩岸同胞謀福祉，開創中華民族的偉大復興。”馬英九隨即復電。
投票率成關注焦點
開票結果出爐后，投票率成了島內輿論關注的焦點，被認為是測試深藍鐵票是否“生銹”及檢驗馬英九一年施政的重要指標。
馬英九以93.87%的得票率當選，但據島內媒體報道，這次黨主席選舉，投票率未達五成的縣市共有6個，分別是臺北縣、臺北市、桃園縣、新竹縣、新竹市及臺南市。其中北部5縣市屬藍營票倉。
針對這一現象，吳伯雄27日受訪時表示，希望大家不要過度解讀，選票本來就有高有低，但從結果來看，“差不多是我們預估的”。
國民黨“立委”周守訓說，藍營執政5縣市的低投票率可能跟縣市長初選爭議有關，但不管怎樣，這間接說明了，面對黨內各項疑難雜癥，馬英九還沒有提出化解爭議、整合黨內的藥方。
《中國時報》也給出了分析：缺乏當家作主的感覺，自然影響投票熱情�！耙驗檎麄�黨主席選舉的重心都在沖高馬英九的得票率，擺明了是對各級黨工以及黨籍政治人物忠誠度的檢驗�！�
國民黨內部重新洗牌
馬英九當選黨主席，國民黨邁入“以黨輔政”新局，黨內未來人事布局，也備受矚目。據臺灣“中央社”報道，根據國民黨黨章規定，未來副主席設置若干人，由黨主席提名。不過馬英九已明白表示，在尚未就任黨主席之前，不會就人事發表看法。
此外，國民黨中央委員也將在8月16日改選，9月6日進行中常委選舉，兩項選舉皆攸關未來國民黨中央權力結構重新洗牌。國民黨副秘書長吳敦義27日表示，國民黨規劃7月28日提出210位中央委員名單。
馬英九在競選黨主席政見中，將中常會定位為溝通協調平臺，兼顧代表性、功能性。據此，有國民黨內人士分析，若“中央委員”大幅提名政務官，未來中常委也將會有多位政務官投入角逐，中常會勢必重新洗牌，行政團隊比重會有較大提高。
與此同時，未來兩岸之間的互動方式，也引發各界關切。島內輿論認為，馬英九的黨主席身份，對于未來的兩岸高層互動，乃至于政治議題的登場，究竟是契機還是局限，仍有待進一步觀察。
加分或減分要自己答
27日，馬英九在競選感言中說，交接后將重新推動黨務改革。對此，《聯合報》文章分析指出，年底縣市長及縣市議員選舉中，國民黨是否能展現壯士斷腕的決心，徹底和黑金劃清界限，將是馬英九推動黨務改革的第一道試金石。
馬英九在競選感言中還說，今后會全心全意提升黨政合作的緊密度，這是他參選黨主席最基本、最核心的目標。對此，也有島內媒體分析指出，如何強化行政部門與立法部門之間的互動與整合？如何更好地體現民意，在島內不產生“一黨獨大”的弊端？這些都是挑戰。
也有媒體發表評論說，倘若馬英九認定兼任黨魁是“以黨輔政”，兼任黨魁應是一種手段與過程，最終目的仍是端出亮眼政績，這也是馬兼任黨魁后，無可回避的考驗，否則“完全執政，完全負責”就是口號一場。
選舉結果已成定局，未來如何？有島內學者投書媒體說，已經站到了第一線，未來是加分還是減分，要由馬英九自己作答�！� 本報特約記者 木 曰
