據福州邊檢站數據統計，自6月19日臺灣方面將金門、馬祖與福建的直航適用范圍擴大至所有臺灣居民后，馬尾至馬祖航線平均日客流量比6月初增長了44．4％，達到169人次。
“兩馬”航線自2001年通航以來，航班從最初的“個案審批”發展為“固定通關”，再到目前的“常態化通關”，已成為兩岸同胞往來的海上“黃金通道”，出入境旅客人數以平均每年65％的速度增長。2006年，“兩馬”航線客流量突破10萬人次。之后不到兩年，來往旅客人數再度翻番。
據了解，自航線開航以來，福州邊檢站始終為往來旅客提供優質高效、熱情周到的通關服務，共開通“需幫扶人員通道”160余次，為患重病旅客提供緊急救助40余次。針對旅客的地緣、民俗特點和進香謁祖的習俗，邊檢站還推出“方言服務”、“服務小分隊”、“特別通道”等便民舉措，方便旅客往返，促進兩岸人民交流。
