“兩馬”航線航程約一個半小時，春運期間，執行每天三進三出航班。具體安排如下：“金龍輪”每天9時15分從馬尾開航，14時20分從馬祖開航；“安麒輪”每天9時30分從馬尾開航，13時30分從馬祖開航；“閩珠一號”每天14時30分從馬尾開航，10時從馬祖開航。如農歷初一等時間變更航班，福州外辦將另行通知。
2001年初開通的“兩馬”航線為許多臺胞來大陸尋根謁祖、探親訪友、旅游觀光等創造了便利。2007年，“兩馬”航線人員往來共計5．3萬人次，同比增長15％。
