6月21日，臺風蓮花沿著臺灣海峽一路北上，臺灣的外島和本島部分地區都受到了臺風影響。

　　6月21日，臺灣氣象部門除了把澎湖、金門和馬祖都列入了陸上警報范圍，臺南、蘭嶼和澎湖都出現了10級陣風，臺風的外圍環流也造成臺灣東南部大雨。隨著蓮花臺風北上，臺灣中部的雨量也明顯增加，其中臺東的降雨量為350毫米，花蓮為300毫米。受蓮花臺風影響，廈門到金門的海上航線在21日全線停航，恢復通航時間要視天氣狀況而定，據報道，這是廈金航線今年以來首次因為天氣因素停航。金門和澎湖21日還停止上班上課，中斷全部陸上和海上交通，臺灣本島到外島的一些空中航班也臨時取消。