《國務院關于支持福建省加快建設海峽西岸經濟區的若干意見》明確提出，要“實施先行先試政策，加強海峽西岸經濟區與臺灣地區經濟的全面對接”，“促進兩岸產業深度對接，形成以廈門灣、閩江口、湄洲灣等區域為主的產業對接集中區”，既體現了中央賦予海峽西岸經濟區的重要歷史使命，又體現了中央對海峽西岸經濟區率先作為的殷切期待。
所謂兩岸產業深度對接，深度就是在推動兩岸經貿合作上要持續深化，在促進兩岸產業對接上要融合創新，在拓展重點合作領域上要提升層次；對接就是海峽兩岸在各自發揮比較優勢的基礎上，要推動兩岸產業轉移，優化兩岸的產業布局，整合產業優勢資源，促進兩岸之間的產業分工與產業合作。改革開放以來，海峽兩岸之間產業對接，主要是依靠持續不斷資本流動和大規模貿易往來完成的。近30年來福建直接利用臺資為141.8億美元，促進兩岸之間產業分工深化，呈現出產業間分工、產業鏈垂直分工與產業內水平分工多樣化分工格局。而兩岸之間高達7000多億美元貿易額，其中閩臺貿易累計總額為599.6億美元，又促成了兩岸之間產業合作，成為兩岸經濟聯系和產業銜接的重要紐帶。海峽兩岸之間投資和貿易相互影響、相互促進，成為推進兩岸產業對接的強大引擎。
改革開放以來，海峽兩岸產業轉移與產業對接形成了三大浪潮。第一次為20世紀80年代，由于臺灣地區工資、地價等生產要素成本大幅度上升，造成傳統產業經營環境惡化，以紡織服裝、鞋帽箱包為代表的勞動密集型產業開始向祖國大陸轉移，主要承接地為廣東省與福建省，其中福建以清祿鞋業和三豐鞋業為代表。第二次為20世紀90年代，臺商對祖國大陸投資在深度和廣度上發生了新的變化，開始由傳統輕紡工業為主逐步轉向電子信息、化工、機械、車輛等產業，其中家用電器和計算機外圍設備轉移的規模最大，主要承接地為珠江三角洲地區，其中東莞市尤為集中。第三次是在21世紀以后，臺商投資領域擴大到資訊科技、半導體、筆記本電腦、手機、電信設備等高技術產業，此時投資熱點開始北上，特別是以上海浦東和江蘇蘇州、昆山為重點的長江三角洲地區，憑借其綜合競爭優勢吸引臺商大量電子信息企業在此集聚，2005年9月臺灣最好一條筆記本電腦生產線轉移到蘇州。
目前臺灣島內主要優勢產業，有光電產業、集成電路、機械裝備、化工，以及生物技術、環保、新材料等資金、技術含量較高的產業。2008年，閩臺產業對接呈現出新局面，以臺資企業為龍頭的石化、機械、電子三大產業集聚效應不斷展現，并進一步向電機、金融、旅游等產業拓展。特別是在2008年11月4日，海峽兩岸正式簽訂了海運、空運、郵政和食品等四項協議，標志著兩岸進入“大三通”時代，大大降低了兩岸產業對接的交易成本。據業內初步估計，空運方面，通過直航，飛行兩岸的航班可以節省一半燃油，可為航空公司和旅客節約30億新臺幣的成本；在海運方面，通過直航，每次航行平均可以節省航行時間16小時—27小時，節約成本15％—30％。以高技術產業和重化產業為主的臺海之間第四次產業轉移已經初見端倪，兩岸產業合作將進入一個跨越提升的新發展階段。
近年來海峽兩岸之間的產業轉移與產業對接呈現出如下特點：
一是產業轉移具有單向性、漸進性和群體性。產業轉移以海峽東岸向海峽西岸為主，祖國大陸對臺灣地區的投資少有發生。近幾年在兩岸產業轉移逐步升級，呈現出由輕紡產品、電子信息零部件到電子整機逐級演進。根據2001年對福建66家臺資企業調查發現，有63.13％臺資企業是從臺灣自帶原料和生產設備，近幾年這個比例有所下降，但是還是占有相當比重。
二是以生產加工低端環節轉移為主，海峽兩岸之間形成不對等產業鏈垂直分工和垂直貿易關系。在這種價值鏈分工體系中，臺灣地區大公司和大集團則掌控著價值鏈高端環節，諸如關鍵技術、關鍵零部件、原材料、機械裝備以及國際營銷渠道等，福建企業主要處于價值鏈的低端環節，主要從事“三來一補”業務，以簡單的加工裝配、貼牌生產為主，技術含量低，附加值也不高。2008年福建與臺灣兩地貿易總額達到72.6億美元，其中福建出口臺灣13.3億美元，由臺灣進口59.3億美元，兩地的貿易逆差高達46億美元，其中福建從臺灣進口的產品主要是半導體、主板、液晶裝置、光學產品等關鍵原材料和關鍵零部件，經過福建省加工組裝之后，銷往世界各地。近幾年來福建沿海地區產業結構升級力度加大，制造業競爭力不斷提升。臺灣企業憑借其擁有的強大營銷渠道，與海峽西岸企業結成“二次代工”關系。
三是低檔次中間品轉移為主，兩岸之間形成不對等產業內的水平分工與水平貿易。所謂的產業內水平分工是指同一產業內部由于產品差異化所引發的區域之間分工；水平貿易則是指同一產業內部的差異化商品在地區之間的雙向流動。如2007年臺灣地區對祖國大陸出口的電器產品及其零部件達到145億美元，同時也從祖國大陸進口93億美元同類產品。但是從雙向貿易結構考察，兩岸之間貿易是建立在附加值不對等的基礎上，祖國大陸向臺灣出口以低附加值、低檔次中間品為主（如鍵盤、鼠標、機殼等），而臺灣地區向福建出口的卻是高附加值、高檔次中間品（如芯片、主板等）。
因此推進海峽兩岸產業深度對接，不僅意味著兩岸經貿往來的數量擴張，更要注重海西區在產業分工中檔次和位次提升，促進兩岸產業由依附型的價值網絡分工關系向對等型的價值網絡分工關系轉換，使海西地區成為東部沿海地區先進制造業的重要基地。
一是水平分工升級。鼓勵在海西地區建立與臺灣產業配套、臺資企業需要的零部件、原輔材料制造中心，促成臺資企業配套、采購、研發、營銷的本地化進程，增強臺資企業根植性與當地企業關聯性；要推動內地中間產品制造商提升研發設計水平，逐步從一般零部件、原輔材料供應商向關鍵零部件、原輔材料供應商轉變，從“外圍”配套供應商向“核心”配套供應商轉變。
二是垂直分工升級。著重鼓勵、推動各個行業的龍頭企業和優勢企業（包括海峽西岸臺資龍頭企業，如電子行業的冠捷電子和捷聯電子，機械行業的東南汽車和金龍客車，化工的翔鷺集團，輕紡行業的燦坤電器和清祿鞋業等），加大研發力度，增強創新能力，向產業鏈高端延伸，將低端生產環節和工序對外發包，形成上、中、下游產業相互關聯、相互配套的分工體系。
三是對接層級升級。必須大力吸引臺資企業到海西地區設立地區總部、配套基地、采購中心、物流中心、營運中心和研發中心。必須重點跟蹤臺灣大型公司在祖國大陸的投資趨勢及其子公司發展動向，適時地吸引其地區總部、營運中心和研發中心向海峽西岸經濟區遷移。當然與引進一般制造業相比，引進區域總部、營運中心所需要的投資運營環境截然不同，它們更講究投資軟環境，包括臺資企業集聚程度、人力資源、人居環境，同時還需要更加優惠政策予以推動。
四是產業鏈條升級。充分利用海西地區港口優勢，堅持高起點規劃，著手研究制定環廈門灣、閩江口、湄洲島等區域與臺灣產業的對接計劃，明確產業對接重點，推動形成兩岸產業對接集中區。堅持高標準建設，加快建設各類臺商投資區、創造條件積極推進，把全省建設成為兩岸經貿合作的先行先試區域。放松臺商投資的限制，加快審批和核準節奏，積極承接臺灣重化工業產業轉移，大力發展以大型裝備制造業、石化、船舶和鋼鐵為重點的臨港工業。同時主動承接臺灣金融產業轉移，積極推進對臺離岸金融業務先行先試，努力把海峽西岸建成兩岸區域性金融服務中心。進一步深化拓展兩岸農業、旅游、現代服務業等領域的合作交流。
五是合作水平升級。福建對臺合作既有現實優勢，還有潛在優勢尚待發揮，需要加大先行先試力度。產業合作既要承接轉移，更要注重對接，應逐步建立起長效對接和交流合作機制，建立起有效的對接城市、港口、產業的互動合作關系。當前，兩岸交流合作已呈現多元趨勢，交流合作的空間和項目不斷創新，拓展交流合作已進入一個新的發展階段，健全和完善長效的交流合作機制已成為福建進一步發揮潛在優勢的迫切需要。應進一步積極探索交流方式，暢通交流渠道，拓展交流領域，提升交流層次，延伸交流平臺，放寬產業準入，提升交流對接水平。
[責任編輯：徐麗華]
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