1998年11月12日――孫中山先生誕辰132周年紀念日,頂新集團又與宋慶齡基金會合作,創立了“頂新專項基金”。主要用于資助海峽兩岸婦女、兒童的交流活動及中國少年兒童福利事業。
“頂新基金”成立伊始正值長江流域遭逢百年未遇的特大洪水。頂新基金管委會立即決定向九江市的湖口縣、九江縣捐贈了2500套課桌椅。同時又開展為希望小學送圖書活動,從1998年到2002年的5年內向全國貧困地區的1000所中小學捐贈1000套優秀兒童圖書。首批捐贈圖書共計100套,每套約850冊,河北、四川及山東等地區的100所學校受到捐助。