9月1日 達賴訪臺嚴重沖擊兩岸關系，原定多項交流活動取消。
福建實行臺灣居民入境預受理,方便臺胞通關。
9月3日 廣西頒布《關于支持臺資企業發展的若干政策措施》。
9月4日 兩岸證券投資論壇舉行，業者稱各具優勢具互補空間。
兩岸合出《康熙朝起居注冊》，還原真實清史資料。
9月6日 首條大陸船公司開通的“廈門－臺中”客滾直航航線正式開啟。
第五屆海峽旅游博覽會開幕,兩岸旅游界共商合作。
9月7日 臺灣中華兩岸旅游產業發展協會和福建師范大學在廈門簽訂《閩臺旅游產學發展合作協議》，進一步推進兩岸教育資源共享及兩岸旅游人才培養。
首個兩岸直航客船與搜救中心合作計劃在廈門啟動。
海峽兩岸簽署首份檢驗檢疫合作備忘錄。
以“海峽旅游，合作共贏”為主題的第五屆海峽旅游博覽會在廈門正式開館。
9月9日 中國金融學會副會長、中國人民銀行副行長蘇寧率大陸金融代表團抵臺參訪。
大陸首家臺商獨資產險機構獲保監會批準。
9月10日 中國紅十字會總會代表團赴臺灣災區慰問。中國紅十字會做出計劃，擬安排1億元人民幣的社會捐款與臺灣紅十字組織合作，共同參與臺灣災后重建項目，幫助臺灣受災同胞早日恢復正常生活。
福建先行先試推進海峽兩岸司法交流和協作互助。
9月11日 中國紅十字會進入高雄縣重災區了解災情慰問災民。
9月12日 臺計劃放寬在港澳工作內地居民赴臺游條件。
臺灣少數民族團體向災民發放大陸2000萬專項捐款。
大陸公安機關破獲兩岸不法分子系列電信詐騙案。
9月14日 中國紅十字會總會代表團一行結束在臺行程返回大陸。中國紅十字會總會常務副會長江亦曼離臺前接受新華社記者采訪時表示，這是大陸紅十字組織首次深入臺灣災區考察災情，中國紅十字會總會將與臺灣紅十字組織一道，共同商定援建項目。
9月16日 大陸八家航空公司赴臺投資案全獲通過。
浙江出臺29條意見幫助臺資企業渡難關。
福建首次成批次大規模組織高校學生赴臺學習。
9月17日 中華臺北籃協決議開放球員赴大陸打球。
9月20日 國臺辦就高雄市決定播放熱比婭影片一事發表談話。
中國國務院臺辦主任王毅在南昌出席“二00九贛臺(南昌)經貿研討會”活動，會見了到會的中國國民黨副主席蔣孝嚴、新黨主席郁慕明等到會臺灣嘉賓。
9月21日 “2009贛臺經貿合作研討會”簽約資金逾14億美元。
“輝煌六十年——中華人民共和國成立六十周年成就展”二十一日繼續對公眾開放。其中，專題展的第十一單元，用大量文獻、圖片和視頻等多媒體技術，全面介紹兩岸關系發展取得的歷史性成就。
大陸少數民族交流團赴臺展開賑災義演。
9月22日 第14屆海峽兩岸影視文化交流與合作座談會在臺舉行。
分別60年來首次團圓,北京故宮文物即將赴臺“尋親”。
9月23日 中國國民黨主席吳伯雄2在臺北會見了以國家民委副主任楊健強為總顧問的大陸少數民族大學生文化交流團一行。
臺灣海基會董事長江丙坤表示，根據大陸統計，各界對臺灣風災的捐款，實際入帳和已同意捐款金額可能高達人民幣9.6億元(約新臺幣45億元)，是大陸最大規模的援助行動。
廈金海底直達光纜建設已著手勘察設計。
9月25日 在臺灣發生“莫拉克”風災后，于8月下旬赴臺實地組裝并指導臺方相關人員的10名大陸活動板房技術人員圓滿完成工作，離臺返鄉。
9月26日 兩岸鄉親廈門同祭孔，金門縣長李炷烽等跨海參加。
9月27日 2009第二屆兩岸師生聯合祭孔大典在新竹舉行。
9月28日 臺盟中央、全國臺聯在京舉辦建國60周年國慶招待會。
兩岸依協議共同打擊犯罪,首采直航模式遣返人犯。
大陸臺生會就大陸學歷采認提“四正一沒有”。
240名參與國慶觀禮臺胞抵京組全國臺聯觀禮團。
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