馬英九早前接受香港亞太出版業協會邀請，預定于6月15日出席在港舉行的“亞洲卓越新聞獎頒獎典禮”并發表演講，內容包括兩岸關系。但是此次出行并未獲得臺“總統府”同意。據英國廣播公司(BBC)6月13日報道，馬英九辦公室于13日表示，雖然香港之行不能完成，不過馬英九會改用錄像方式，發表演說。

　　據報道，臺“總統府”12日宣布對馬英九出境申請案核定“不予同意”的4個理由包括：一、馬英九卸任不到一個月，機密有保密必要；二、有關機密需更多時間清查確認；三、香港為“國安高度敏感地區”；四、“國安局”與香港合作無前例可循。

　　邀請馬英九的亞洲出版業協會(SOPA)12日在網站上發表聲明，馬英九還會繼續擔任2016年度卓越新聞獎頒獎禮晚宴演講嘉賓，并會進行一場錄像演說。

　　“我們對馬英九先生無法親自加入感到失望，但我們也期待在周三(15日)與涵蓋18個報道類別的亞太地區優秀記者齊聚一堂。”卓越新聞獎籌委會主席威徹(S.K. Witcher)透過網站聲明表示。

　　對于臺灣當局拒絕馬英九赴港，有專家表示，并不意外，稱這是一個典型的政治決定。蔡英文不想讓馬英九奪走她的主導權，卻也同時喪失了一個向大陸展現善意，促進島內藍綠和解的絕佳機會。