鑒于僵化的“三不政策”，臺灣當局無法與祖國大陸進行正式的接觸與談判。1990年11月21日，為應(yīng)付兩岸關(guān)系發(fā)展的需要以及推行有限的大陸政策，臺灣當局成立了“財團法人海峽交流基金會”(簡稱海基會)，并于1991年3月9日正式掛牌工作。這是以民間團體身份出現(xiàn)的半官方機構(gòu)，直屬于“行政院大陸委員會”，任務(wù)是接受“陸委會”的委托，辦理臺灣當局“不便與不能出面的兩岸事務(wù)”，人稱“陸委會”手套。海基會的首任董事長為國民黨中常委、臺水泥業(yè)巨富辜振甫，副董事長兼秘書長為陳長文、副秘書長為陳榮杰。

　　海基會成立時的定位是“協(xié)調(diào)處理臺灣地區(qū)與大陸地區(qū)人民往來有關(guān)事務(wù)，以保障兩地人民權(quán)益為宗旨，不以營利為目的”。該會的主要工作有如下7項業(yè)務(wù)：(1)兩岸人民入出境收件、核轉(zhuǎn)及有關(guān)證件簽發(fā)補發(fā)。(2)大陸地區(qū)文書驗證、身份關(guān)系證明、協(xié)助訴訟文書送達及兩地人犯遣返。(3)大陸地區(qū)經(jīng)貿(mào)資訊的收集發(fā)布，間接貿(mào)易、投資及其爭議的協(xié)調(diào)處理。(4)兩岸人民有關(guān)文化交流事宜。(5)協(xié)助保障臺灣地區(qū)人民在祖國大陸地區(qū)停留期間的合法權(quán)益。(6)兩岸人民往來有關(guān)咨詢服務(wù)。(7)“政府”委托辦理的其他事項。

　　該會成立后立即承擔先前由紅十字會負責的有關(guān)兩岸事務(wù)性的接觸和交往的職能，并派遣該會人士訪問祖國大陸各相關(guān)部門，建立溝通管道。

　　1991年12月16日，大陸社會團體法人性質(zhì)的民間團體“海峽兩岸關(guān)系協(xié)會”(簡稱海協(xié)會)在北京成立，它以促進海峽兩岸交往，發(fā)展兩岸關(guān)系，實現(xiàn)祖國和平統(tǒng)一為宗旨。汪道涵被選舉為海協(xié)會首任會長，唐樹備為常務(wù)副會長，秘書長為鄒哲開。海協(xié)會成立后的工作重點主要有4項：一、逐步建立和發(fā)展與臺灣島內(nèi)外民間團體、人士的聯(lián)系與相互合作，發(fā)揮民間力量，共同促進兩岸的直接“三通”和雙向交流。根據(jù)國臺辦的授權(quán)，協(xié)會將負責與臺灣海峽交流基金會有關(guān)團體進行聯(lián)系，處理相關(guān)問題。二、就合作打擊臺灣海峽海上走私、搶劫等問題與臺灣授權(quán)團體海基會具體商談。三、協(xié)會如受到委托，也將協(xié)同有關(guān)方面與臺灣授權(quán)團體或人士就處理臺灣海峽海上漁事糾紛和違反有關(guān)規(guī)定進入對方地區(qū)之居民及相關(guān)問題進行商談。四、協(xié)會將積極為臺灣島內(nèi)外各團體、各界人士提供有關(guān)祖國大陸投資、貿(mào)易和其他交流活動的政策、法規(guī)等咨詢和服務(wù)。同時也積極向祖國大陸有關(guān)方面和地方提供對臺文化、學術(shù)、體育、科技交流等咨詢。

　　兩會成立后，充分發(fā)揮了溝通化解的橋梁作用。一年內(nèi)，合作處理了各類突發(fā)事件24起，包括漁事糾紛6起、臺軍驅(qū)逐大陸漁民傷亡事件10起，刑事案件8起，建立起了相當良好的協(xié)調(diào)關(guān)系。從1992年3月到1995年6月，兩會進行了包括第一次“汪辜會談”在內(nèi)的各種層級的總共17次商談。